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Cet écosystème, véritable pilier du récif par ses fonctions dans le maintien des équilibres biologiques et physiques du littoral, est soumis à de fortes pressions naturelles et anthropiques. L’objectif de cette étude était de caractériser, quantifier et spatialiser les communautés d’herbiers au sein du récif frangeant et barrière. Cette étude a permis de mettre en évidence une surface de 760 hectares d’herbiers à Mayotte. Ces zones d’herbiers présentent un taux de recouvrement faible et une morphologie discontinue. Cependant la biodiversité des phanérogames marines est remarquable. L’association de la télédétection, des Systèmes d’Information Géographique et des méthodes de quantification écologique a permis de rendre compte de l’état des lieux de cet écosystème sur Mayotte, site privilégié pour l’alimentation et la reproduction des tortues marines. Cette première étude met en évidence l’influence de la qualité de l’eau et des conditions hydrodynamiques sur l’écosystème des herbiers marins. La visualisation des résultats fait part de l’état d’avancement de l’urbanisation sur la côte Nord Est de la Grande Terre de Mayotte et de ses impacts sur cet écosystème fragile. 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