La mission s'inscrit en préalable à l'inventaire des ZNIEFF proprement dit de Mayotte, tout en relevant du cadre méthodologique national des Zones Naturelles d'Intérêt Écologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) élaboré par le Ministère de l'Écologie et du Développement Durable (MEDD) et le Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN).
La mission s'applique à l'ensemble de l'île de Mayotte, lagon inclus. Elle concerne donc à la fois les milieux marins, terrestres et leurs interfaces littoraux.
Elle consiste à rassembler, synthétiser les données disponibles et accessibles en vue d’élaborer un premier référentiel sur la faune, la flore, les habitats terrestres et marins de l’île de Mayotte. Il est prévu que la mission d’assistance puisse elle-même contribuer, si possible, à l’enrichissement de ces référentiels.

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