La DAF a donc sollicité le bureau d’études « ESPACES » pour établir un état des lieux des peuplements de poissons d’intérêt commercial de chacune des zones du projet, à partir d’un protocole standardisé rigoureux et identique sur chacune de ces zones. Les objectifs de cette étude sont donc les suivants : 
1. Réaliser un inventaire des principales espèces-cibles de la pêcherie artisanale locale observées dans chacun des sites, avec élaboration de listes d’espèces zonées ; 
2. Apprécier pour chacun des sites et pour l’ensemble du projet, la structuration de cette catégorie de poissons, selon plusieurs caractéristiques :
- la diversité taxonomique (principales familles et espèces) ;
- l’abondance de chaque famille et espèce de ces poissons, en terme de 
nombre d’individus et de biomasse ;
- la structure trophique de ces communautés de poissons, en terme de nombre d’individus et de biomasse. 
3. Etablir, sur le site de N’Gouja, nouvellement identifié au sein du projet de classement en réserve naturelle, un inventaire de l’ensemble des espèces de poissons récifaux observées. Ce travail qualitatif vise à enrichir l’état initial du site de N’Gouja du dossier d’instruction du projet, puisque aucune donnée sur les peuplements ichtyologiques de ce site n’était disponible.
La présente étude s’inscrit donc dans le cadre de ce projet de classement en réserve naturelle d’espaces remarquables du lagon de Mayotte, mais également dans le cadre du Plan d’Action Local 2006-2010 pour la biodiversité.

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